Michael rastrea a Gretchen, Whistler y Mahone hasta la ciudad de Los Angeles.
T-Bag, Bellick y Sucre aprovechan un motín en Sona para escapar.
Los hermanos reciben una propuesta muy fuerte.

Michael, Lincoln y los otros suman a un nuevo miembro al equipo, Roland.
Wyatt continúa su búsqueda de los hermanos cuando nota que la noticia de su encarcelamiento es falsa.

Los muchachos siguen intentando encontrar a los poseedores de las otras cinco tarjetas, pero se enfrentan a un problema inesperado cuando están por lograrlo.
Wyatt busca información acerca de Sara.

Los muchachos rastrean y siguen a otro de los portadores de Scylla hasta una embajada.
T-Bag llega a Los Angeles y se encuentra con Michael y Lincoln. También llega Wyatt, buscando a Sara.

Self localiza otra de las tarjetas Scylla, pero está guardada en un edificio del FBI.
Mahone sigue buscando al asesino de su hijo.
T-Bag está en riesgo de ser descubierto.

Toda la operación está en riesgo de ser descubierta cuando Mahone se mete en problemas con la ley.
La Compañía tiene a Self en la mira.
T-Bag sigue despertando sospechas en GATE.

Parte del grupo viaja a Las Vegas en busca de la siguiente tarjeta.
Gretchen se asocia con T-Bag.
Wyatt tiene planes para con el agente Self.

Lincoln trabaja para conseguir la última tarjeta, la cual está en poder del general Kranz.

Michael y el agente Self se ven obligados a trabajar con Gretchen.

Michael, Lincoln, Sucre y Bellick trabajan en el túnel para llegar al cuartel principal de La Compañía.
Gretchen se encuentra con el General.
La salud de Michael continúa deteriorándose.

La salud de Michael empeora y a Sara no le queda otra opción que llevarlo a un hospital. Por esta razón, Sucre y Lincoln quedan a cargo del plan.
El agente Self se encuentra sorpresivamente con un nuevo aliado.

Michael arriesga su vida al continuar la misión junto con el resto del grupo.
Gretchen trata de obtener la última tarjeta.
Trishanne tiene los días contados.

Sara toma un rehén para asegurar la obtención de Scylla.

Michael y Lincoln finalmente se encuentran frente a frente con el General.

El grupo es traicionado por uno de sus integrantes.

Mientras, el General intenta recuperar a Scylla.

Self va en busca de Michael y la pieza faltante de Scylla.

Mahone pide ayuda a unos viejos conocidos suyos.

A fin de descifrar los secretos de Scylla, Michael recibe la ayuda de un viejo conocido.

Michael se entera de algunos secretos oscuros de su pasado, mientras Lincoln y los otros viajan a Miami tras Scylla.

Michael y Sara van a Miami para encontrarse con los otros.
Lincoln se encuentra con su madre.

Michael y Lincoln, cada uno por su lado, tratan de poner las manos sobre Scylla, al mismo tiempo que Christina Scofield pone en marcha su plan. Sara recibe noticias que cambiarán su vida.

Michael finalmente se encuentra con su madre.
El General llega a Miami en busca de Christina y Scylla.
T-Bag deberá probar que es leal a La Compañía

En el hotel de la conferencia energética reina el caos tras el atentado.
Michael será acorralado y se verá obligado a tomar una difícil decisión.

Mientras Michael sigue tratando de derribar a La Compañía, algunas caras conocidas vuelven a aparecer.

Michael lleva a cabo un último intento por
conseguir a Scylla y destruir a La Compañía.

Sara es apresada por el asesinato de Christina Scofield. Esto obliga a Michael a tomar una decisión drástica, la cual será la que le cueste su vida.